A fines del siglo XVI, llegó a Uquihua el Arzobispo Toribio de Mongrobejo, como uno de los primeros catequizadores católicos. Posteriormente en el siglo XVIII, con idéntica misión, llegaron el Obispo Baltasar Jaime Martínez de Compagñón, el Intendente de Trujillo don Juan José Martínez de Pinillos y el Justicia mayor don Félix de la Rosa Reátegui y Gaviria. Este último, por encargo de Martínez de Compagñón, funda el pueblo de Santo Toribio de la Nueva Rioja, el 22 de septiembre de 1782. Rioja, tuvo una notable participación en la consolidación de la Independencia de Maynas, pues, luego de proclamarse la independencia de ésta, el 19 de agosto de 1821, un grupo de realistas rebeldes seguía perturbando la tranquilidad de muchos pueblos amazónicos; entre ellos Moyobamba, donde habían hecho su centro de operaciones.
El 4 de septiembre de 1822, las tropas patriotas, dirigidas por el Teniente Coronel Nicolás Arriola, parten de Chachapoyas con dirección a Moyobamba. A su paso por Rioja, libran tres batallas: Batalla de la Ventana, de Tambo del Visitador y de Rioja. Vencedores los patriotas avanzan, con el apoyo de muchos riojanos, hacia el pueblo de La Habana, donde se libra la Batalla de La Habana; con la cual se logra vencer definitivamente a los españoles, proclamándose la independencia de Maynas el 25 de Septiembre de 1822.Por Ley Nº 8142 del año 1935, se crea la Provincia de Rioja, contando en aquel entonces sólo con 4 distritos: Rioja, Pósic, Yorongos y Yuracyacu. Posteriormente tras la apertura de la Carretera Marginal, se forman nuevas poblaciones, creándose entonces cinco distritos más: Pardo Miguel, Nueva Cajamarca, Elías Soplín Vargas, San Fernando y Awajún; determinando así su actual distribución política.
Tambien llamada "la ciudad de los sombreros". Puede visitarse la Cueva de los Huacharos, los Túneles de aguas claras, La Cueva de las Velas, la Laguna de San Francisco, Mashuyacu y el Balneario San Juan Urificio
